更新不應覆蓋好資料
v0.9.41 的 graphify update 會辨識「本次 extractor 失敗造成圖譜縮小」的情況，並拒絕以不完整結果覆寫既有圖譜。真實檔案刪除仍會反映為圖譜縮小，因此遇到拒絕時先修正 extractor 或輸入範圍，再重新更新。
何時需要重新萃取
此版本要求語意層擷取每個節點的 rationale，所以既有 semantic cache 會在下一次執行時失效並重新萃取。這是預期行為；先確認可用的語意後端與額度，再針對需要的範圍執行更新。
Windows 與多工作目錄
source_file 現在統一採用 POSIX 分隔符，且 warm cache 不會因為目前工作目錄不同而指向虛假的路徑。跨 Windows、CI 與不同 checkout 分享或比對圖譜時，應升級後重新跑一次更新，讓新識別方式生效。